COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 3.286376 3.286376 2.868762
2020-09-26 17:00:00 3.013301 3.013301 2.841467
2020-09-25 17:00:00 2.987080 2.987080 2.842120
2020-09-24 17:00:00 2.751968 2.751968 2.815883
2020-09-23 17:00:00 2.572025 2.572025 2.789301
2020-09-22 17:00:00 2.820955 2.820955 2.760787
2020-09-21 17:00:00 3.384052 2.285579 2.735975

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 3.671875 3.671875 2.580991
2020-09-26 17:00:00 1.889020 1.889020 2.362002
2020-09-25 17:00:00 5.044510 5.044510 2.427189
2020-09-24 17:00:00 1.578459 1.578459 2.405381
2020-09-23 17:00:00 1.836394 1.836394 2.335351
2020-09-22 17:00:00 2.589928 2.589928 2.309200
2020-09-21 17:00:00 2.953240 1.809045 2.281893

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 9.055877 2.601156 2.068395
2020-09-26 17:00:00 3.012048 3.012048 1.946221
2020-09-25 17:00:00 1.529412 1.529412 1.827720
2020-09-24 17:00:00 1.206434 1.206434 1.721326
2020-09-23 17:00:00 2.998236 2.998236 1.617600
2020-09-22 17:00:00 2.426343 2.426343 1.516041
2020-09-21 17:00:00 1.219512 0.181818 1.376458

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 1.657754 1.657754 0.980363
2020-09-26 17:00:00 0.850340 0.850340 0.999344
2020-09-25 17:00:00 0.524109 0.524109 1.032858
2020-09-24 17:00:00 0.488599 0.488599 1.035902
2020-09-23 17:00:00 1.003698 1.003698 1.051338
2020-09-22 17:00:00 1.567603 1.567603 1.043779
2020-09-21 17:00:00 1.304348 0.677775 1.041670

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 5.633479 5.633479 4.370202
2020-09-26 17:00:00 5.226016 5.226016 4.244504
2020-09-25 17:00:00 3.628281 3.628281 4.112025
2020-09-24 17:00:00 3.890662 3.890662 3.966326
2020-09-23 17:00:00 5.736757 5.736757 3.881947
2020-09-22 17:00:00 21.224490 3.079961 3.809442
2020-09-21 17:00:00 4.636520 4.636520 3.657567

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 2.568906 2.568906 2.443673
2020-09-26 17:00:00 2.085088 2.085088 2.490776
2020-09-25 17:00:00 2.959728 2.959728 2.527585
2020-09-24 17:00:00 1.543499 2.401747 2.542281
2020-09-23 17:00:00 1.887850 1.887850 2.550013
2020-09-22 17:00:00 1.405622 2.761044 2.601246
2020-09-21 17:00:00 5.500237 2.814509 2.633347

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 2.554745 2.554745 2.449848
2020-09-26 17:00:00 3.778866 2.239328 2.484522
2020-09-25 17:00:00 2.936508 2.936508 2.564896
2020-09-24 17:00:00 2.432667 2.432667 2.584676
2020-09-23 17:00:00 3.580402 2.041457 2.581932
2020-09-22 17:00:00 1.739130 1.739130 2.602499
2020-09-21 17:00:00 2.882483 2.882483 2.591607

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 2.641950 2.641950 2.649060
2020-09-26 17:00:00 3.020690 3.020690 2.616899
2020-09-25 17:00:00 2.464374 2.464374 2.579163
2020-09-24 17:00:00 2.787203 2.787203 2.545687
2020-09-23 17:00:00 2.317291 2.317291 2.496920
2020-09-22 17:00:00 3.299598 3.299598 2.442107
2020-09-21 17:00:00 2.659146 2.659146 2.404129

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 5.044843 10.201794 6.426813
2020-09-26 17:00:00 6.198083 6.198083 6.325408
2020-09-25 17:00:00 5.340161 5.340161 6.141759
2020-09-24 17:00:00 6.398996 6.398996 5.976334
2020-09-23 17:00:00 5.572755 5.572755 5.830591
2020-09-22 17:00:00 7.028112 7.028112 5.727195
2020-09-21 17:00:00 9.275362 4.499121 5.594175

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 2.026837 2.026837 1.845665
2020-09-26 17:00:00 2.084860 2.084860 1.837376
2020-09-25 17:00:00 2.154468 2.154468 1.844989
2020-09-24 17:00:00 1.651164 1.651164 1.855241
2020-09-23 17:00:00 1.403911 1.403911 1.834424
2020-09-22 17:00:00 1.539633 1.539633 1.802921
2020-09-21 17:00:00 1.344287 1.763953 1.805376

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 2.605863 2.605863 2.801010
2020-09-26 17:00:00 2.786710 2.786710 2.826098
2020-09-25 17:00:00 3.720406 3.720406 2.853986
2020-09-24 17:00:00 1.910112 1.910112 2.911033
2020-09-23 17:00:00 3.860072 3.860072 3.014081
2020-09-22 17:00:00 2.623907 2.066590 3.016184
2020-09-21 17:00:00 4.047619 2.000000 2.993047

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 4.861111 4.861111 1.481744
2020-09-26 17:00:00 1.366120 1.366120 1.458794
2020-09-25 17:00:00 1.039501 1.039501 1.414933
2020-09-24 17:00:00 1.250000 1.250000 1.364755
2020-09-23 17:00:00 0.584795 0.978793 1.346293
2020-09-22 17:00:00 1.036269 1.036269 1.294970
2020-09-21 17:00:00 12.601626 1.626016 1.285859

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 3.216374 3.216374 3.545292
2020-09-26 17:00:00 4.166667 4.166667 3.549137
2020-09-25 17:00:00 4.805915 3.468208 3.426380
2020-09-24 17:00:00 2.717391 2.717391 3.275952
2020-09-23 17:00:00 5.580694 5.580694 3.157093
2020-09-22 17:00:00 1.856148 1.856148 3.126884
2020-09-21 17:00:00 3.546099 3.546099 3.026201

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 6.078148 6.078148 3.665440
2020-09-26 17:00:00 5.156724 2.325581 3.611464
2020-09-25 17:00:00 2.628571 2.628571 3.606261
2020-09-24 17:00:00 5.463183 5.463183 3.567454
2020-09-23 17:00:00 2.941176 2.941176 3.573635
2020-09-22 17:00:00 4.273504 4.273504 3.616762
2020-09-21 17:00:00 2.898551 3.605016 3.701250

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 4.336399 4.336399 3.557056
2020-09-26 17:00:00 3.160071 3.160071 3.541446
2020-09-25 17:00:00 4.127967 4.127967 3.620585
2020-09-24 17:00:00 2.931229 2.931229 3.588597
2020-09-23 17:00:00 3.576807 3.576807 3.631898
2020-09-22 17:00:00 9.061489 9.061489 3.623740
2020-09-21 17:00:00 2.147702 2.147702 3.627350

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 4.518430 2.970491 2.767834
2020-09-26 17:00:00 1.825994 1.825994 2.852240
2020-09-25 17:00:00 3.589948 3.589948 2.874106
2020-09-24 17:00:00 2.796935 2.796935 2.855656
2020-09-23 17:00:00 3.112977 3.112977 2.927919
2020-09-22 17:00:00 2.499068 2.499068 2.956286
2020-09-21 17:00:00 5.270007 3.206651 2.971750

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 6.888008 3.146680 3.471632
2020-09-26 17:00:00 4.020421 4.020421 3.470623
2020-09-25 17:00:00 3.481979 3.481979 3.530722
2020-09-24 17:00:00 3.391572 3.391572 3.536894
2020-09-23 17:00:00 2.598091 2.598091 3.487562
2020-09-22 17:00:00 2.875746 2.875746 3.459970
2020-09-21 17:00:00 7.720145 3.995006 3.494299

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 3.557181 3.557181 3.129237
2020-09-26 17:00:00 2.598016 2.598016 3.159967
2020-09-25 17:00:00 3.272171 3.272171 3.119631
2020-09-24 17:00:00 4.005127 4.005127 3.104584
2020-09-23 17:00:00 2.238431 2.238431 3.069464
2020-09-22 17:00:00 2.509877 2.509877 3.043177
2020-09-21 17:00:00 3.873967 3.873967 3.055796

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 1.972271 1.972271 2.496007
2020-09-26 17:00:00 2.505124 2.505124 2.494076
2020-09-25 17:00:00 2.965017 2.965017 2.453102
2020-09-24 17:00:00 3.143894 3.143894 2.438356
2020-09-23 17:00:00 1.915301 1.915301 2.405861
2020-09-22 17:00:00 2.073991 2.073991 2.363081
2020-09-21 17:00:00 2.650678 2.650678 2.289912

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 1.552106 1.552106 2.335025
2020-09-26 17:00:00 3.225806 3.225806 2.395917
2020-09-25 17:00:00 2.194656 2.194656 2.401064
2020-09-24 17:00:00 2.720450 2.720450 2.409783
2020-09-23 17:00:00 1.911469 1.911469 2.396073
2020-09-22 17:00:00 1.892285 2.631579 2.392195
2020-09-21 17:00:00 1.474926 2.242610 2.348239

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 0.000000 0.000000 3.058783
2020-09-26 17:00:00 10.000000 10.000000 2.860174
2020-09-25 17:00:00 1.612903 1.612903 3.157400
2020-09-24 17:00:00 2.083333 2.083333 3.092405
2020-09-23 17:00:00 3.278689 3.278689 3.030808
2020-09-22 17:00:00 0.909091 0.909091 3.027208
2020-09-21 17:00:00 2.857143 2.857143 3.140498

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-27 17:00:00 4.307776 4.307776 3.802581
2020-09-26 17:00:00 3.913043 3.913043 3.750895
2020-09-25 17:00:00 4.013104 4.013104 3.756010
2020-09-24 17:00:00 4.789494 3.341058 3.697480
2020-09-23 17:00:00 3.231366 3.231366 3.680672
2020-09-22 17:00:00 3.140670 3.140670 3.656401
2020-09-21 17:00:00 5.181087 5.181087 3.541191

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.671875 3.671875 2.580991
Basilicata 9.055877 2.601156 2.068395
Calabria 1.657754 1.657754 0.980363
Campania 5.633479 5.633479 4.370202
Emilia-Romagna 2.568906 2.568906 2.443673
Friuli Venezia Giulia 2.554745 2.554745 2.449848
Lazio 2.641950 2.641950 2.649060
Liguria 5.044843 10.201794 6.426813
Lombardia 2.026837 2.026837 1.845665
Marche 2.605863 2.605863 2.801010
Molise 4.861111 4.861111 1.481744
P.A. Bolzano 3.216374 3.216374 3.545292
P.A. Trento 6.078148 6.078148 3.665440
Piemonte 4.336399 4.336399 3.557056
Puglia 4.518430 2.970491 2.767834
Sardegna 6.888008 3.146680 3.471632
Sicilia 3.557181 3.557181 3.129237
Toscana 1.972271 1.972271 2.496007
Umbria 1.552106 1.552106 2.335025
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 3.058783
Veneto 4.307776 4.307776 3.802581
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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